การหาวัตถุดิบที่มีราคาถูก นั้นเป็นสิ่งที่มีความสำคัญในการผลิตไบโอดีเซลเนื่องจากค่าใช้จ่ายอาจสูงถึง 80% ของต้นทุนการผลิตโดยจะขึ้นกับวัตถุดิบ แหล่งวัตถุดิบของไบโอดีเซลนั้นมีความหลากหลายนับตั้งแต่ปาล์มน้ำมัน, มะพร้าว, ทานตะวัน, ถั่วเหลือง, เมล็ดต้นเรพ, คาโนล่า, เมล็ดต้นลิน, เมล็ดฝ้าย, น้ำมันพืชส่วนเกินและไขมันสัตว์เช่นน้ำมันหมูและมันวัว

กรีนพาวเวอร์คอร์ปอเรชั่นใช้ น้ำมันปาล์มเป็นวัตถุดิบ เนื่องจากความใกล้ชิดกับเครือข่ายของผู้รับเหมาที่ภาคใต้ของประเทศไทยเพื่อเป็นการสนับสนุนการพัฒนาด้านการเกษตรของประเทศไทย พื้นที่ปลูกปาล์มที่ใหญ่ที่สุดของประเทศไทยอยู่ที่จังหวัดกระบี่ซึ่งปลูกเป็นจำนวน 40% ตามด้วยสุราษฎร์ธานีและชุมพร พืชน้ำมันได้กลายมาเป็นวัตถุดิบที่มีความสะดวกที่สุดสำหรับไบโอดีเซลในประเทศไทยเนื่องจากราคากาปลูกที่ต่ำและผลผลิตที่มาก พื้นที่ 1 ไร่ของปาล์มจะให้เชื้อเพลิงมากกว่า 1 ไร่ของถั่วเหลือง (ปลูกกันมากในอเมริกาเพื่อผลิตไบโอดีเซล) ถึง 10 เท่าและมากกว่า 1 ไร่ของเมล็ดต้นเรพถึง 5 เท่า (ปลูกกันมากในยุโรป) มากกว่า 80% ของการผลิตน้ำมันปาล์มของโลกมาจากประเทศมาเลเซีย (14 ล้านตันต่อปี) และอินโดนีเซีย (12 ล้านตันต่อปี) ผลผลิตน้ำมันปาล์มดิบของประเทศไทยในปัจจุบันอยู่ที่ประมาณ 1 ล้านตันต่อปีหรือ 2,740 ตันต่อวันซึ่ง 200,000 ตันต่อปีหรือ 550 ตันต่อวันเป็นจำนวนของการส่งออก (แหล่งข้อมูล: องค์กรอาหารและการเกษตร, ข้อมูลทางสถิติทางการเกษตร)

น้ำมันปาล์มนั้นสามารถเก็บเกี่ยวได้ตลอดทั้งปี หลังการเก็บพวงของผลจากการปลูกนั้นพวงจะถูก เสตอริไลส์ ด้วยไอน้ำและถูก นวด เพื่อแยกผลออกจากพวง ในขั้นต่อไปเนื้อจะถูก ทำให้แตก, ทำให้สุก และ ทำให้เป็นแผ่นบาง และขยายตัวด้วยไอน้ำเพื่อเพิ่มจำนวนน้ำมัน น้ำมันจะถูก แยก โดยการกดหรือการแยกด้วยสารละลายทำให้ได้ น้ำมันดิบจากแก่นของปาล์ม (CPKO) (5%) และ น้ำมันปาล์มดิบ (CPO) (15-20%) หลังกระบวนการ การทำให้บริสุทธิ์ เพื่อขจัดน้ำ, ทรายและสิ่งปลอมปนอื่นๆนั้นน้ำมันที่ถุกแยกออกมาจะพร้อมสำหรับการเก็บและการกรอง พวงเปล่านั้นมักจะถูกส่งกลับไปเพื่อเป้นปุ๋ยอินทรีย์สำหรับการปลูก ไฟเบอร์ mesocarp และเปลือกที่แตกอาจถูกเผาเพื่อทำให้เกิดไอน้ำสำหรับกระบวนการการกรอง

หลังการแยกออกจากพวง CPO ที่อุณภูมิห้อง (25 C) จะมีลักษณะเหมือนแป้งเปียกสีแดง ในการผลิตให้ได้เพิ่มเติมนั้นจะต้องขจัดกรดไขมัน, สีและกลิ่นผ่าน กระบวนการกรองและกลั่น
ขั้นแรกของกระบวนการกรองคือ การเอายางออก ซึ่งทำได้โดยการรวม CPO เข้ากับน้ำเพื่อทำให้สิ่งปลอมปนสามารถละลายได้เพิ่มขึ้นสำหรับการกรองออกในภายหลัง ในระหว่างกระบวนการ กำจัดสี นั้นอนุภาคที่มีสี, โลหะและวัสดุที่สามารถรวมกับออกซิเจนในน้ำมันจะถูกดูดซึมเข้าไป ก่อนการกลั่นและการกำจัดกลิ่นนั้นวัสดุที่ตกตะกอนจากการเอายางออกจะถูกกรองออกจากน้ำมันที่ไร้สี จากนั้นจะเป็นการป้องกันการโดนอากาศและการให้ความร้อนเพื่อ กำจัดกลิ่น และขจัดอากาศที่เหลือออกรวมทั้งระเหยรสและกลิ่นออกไป ไอจากการกำจัดกลิ่นนั้นจะถูกนำมารวมกันและส่งผ่านเข้าไปยังชั้นของการบรรจุซึ่งถูกให้ความเย็นโดยการไหลเวียนของน้ำมันกรดซึ่งส่งผลให้เกิด กรดไขมันของปาล์มที่ถูกกลั่น เป็นสบู่ น้ำมันที่ออกมาจากการกำจัดกลิ่นนั้นจะถูกทำให้เย็นสำหรับการเก็บและส่งต่อไปยังตัวกรองเพื่อ กรองน้ำมันที่ไร้สีและกลิ่น ออกมา

น้ำมันปาล์มจะมีอัตราส่วนของกรดไขมันอิ่มตัวและไม่อิ่มตัวในระดับที่สมดุลย์ มันจะประกอบไปด้วยกรดโอไลอิก 40% (กรดไขมันไม่อิ่มตัวองค์ประกอบเดี่ยว), กรดไลโนอิก 10% (กรดไขมันไม่อิ่มตัวหลายองค์ประกอบ), กรดพาล์มมิติก 45% และกรดเสตอริก 5% (กรดไขมันไม่อิ่มตัว) เพื่อที่จะให้ได้มาซึ่งวัสดุที่มีการไหลอย่างอิสระจาก น้ำมันกรองที่ไร้สีและกลิ่น นั้นของเหลวสามารถที่จะถูกแยกออกมาจากช่วงที่เป็นของแข็งด้วย กระบวนการแยกส่วน กระบวนการนี้จะเก็บไขมันไว้ที่อุณหภูมิควบคุมเพื่อทำให้เกิดการตกผลึกและทำการแยกผลึกนั้นเพื่อให้ได้มาซึ่งของเหลว (ปาล์ม โอเลอิน) และส่วนที่เป็นของแข็ง (ปาล์ม เสตอริน)