ไบโอดีเซลนั้นสามารถผลิตได้จากกระบวนการหลายชนิด กรีนพาวเวอร์คอร์ปอเรชั่นใช้ กระบวนการการแยกเอสเตอร์โดยอาศัยตัวเร่งปฏิกิริยา จากน้ำมันปาล์มกับเมธานอลเนื่องจากจะเกิดปฏิกิรายาที่รวดเร็วและได้ผลการเปลี่ยนแปลงที่มาก (98%) โดยมีผลข้างเคียงน้อย นอกจากนี้ยังสามารถเกิดได้ที่อุณหภูมิและความดันที่ต่ำกว่ากระบวนการอื่นๆซึ่งช่วยลดเงินลงทุนและค่าใช้จ่ายในการดำเนินงาน ความสามารถของโรงงานผลิตในปัจจุบันอยู่ที่ 200,000 ลิตรของไบโอดีเซลต่อวัน หรือ 54,420 ตันต่อปี

เทคโนโลยีชั้นนำในการผลิตของกรีนพาวเวอร์คอร์ปอเรชั่นนั้นจะผลิตเชื้อเพลิงที่ตรงตามมาตรฐานคุณภาพระดับนานาชาติ EN 14214 และ ASTM D 6751-03 และได้รับ การรับรองจากการปิโตรเลียมแห่งประเทศไทย เช่นเดียวกับจาก จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กระบวนการผลิตของเราจะไม่สร้างสารตกค้างที่มีพิษหรือเป็นอันตรายและมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมน้อยที่สุดเนื่องจากการขาดหายไปของอากาศและน้ำเสียของระบบ กระบวนการผลิตไบโอดีเซลทั้งระบบจะเป็นระบบปิดโดยจะประกอบไปด้วยขั้นตอนดังต่อไปนี้:

ในทางเทคนิคนั้นไบโอดีเซลคือเมธิลเอสเตอร์ซึ่งเกิดขึ้นจากกระบวนการเปลี่ยนสภาพของเอสเตอร์ของน้ำมันปาล์มกับเมธานอลโดยมีโซเดียมไฮดรอกไซด์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยา ในขั้นแรกนั้นเมธานอลและตัวเร่งปฏิกิริยาจะผสมกัน จากนั้นจึงผสมเข้ากับน้ำมันปาล์มในถังผสม หลังจากนั้นจะถูกส่งไปยังท่อทำปฏิกิริยาของไบโอดีเซลด้วยอัตราการไหลที่เหมาะสม ท่อส่งที่มีสารผสมจะถูกให้ความร้อนซึ่งส่งผลให้แต่ละโมเลกุลของน้ำมันปาล์มดิบนั้นจะเกิดการแยกออกเป็น 3 ห่วงโซ่ของกรดไขมันเมธิลเอสเตอร์และโมเลกุลกลีเซอรีนอิสระ กลีเซอรีนและเมธานอลจะเกิดการสลับตำแหน่งกันเนื่องด้วยปฏิกิริยาทางเคมี

สารที่ได้จากกระบวนการการแยกเอสเตอร์นั้นคือกลีเซอรีนซึ่งจะมีปริมาณประมาณ 10% ของทั้งหมด กลีเซอรีนจะถูกส่งไปยังชุดทำระเหยซึ่งตัวเร่งปฏิกิริยาที่ไม่ได้ใช้และสบู่จะถูกทำให้มีความเป็นกลางด้วยกรดและรีไซเคิลกลับเข้าไปยังกระบวนการใหม่อีกครั้ง กลีเซอรีนบริสุทธิ์ที่เหลืออยู่จะมีความเข้มข้นประมาณ 82-85% (กลีเซอรีนระดับใช้ปฏิบัติการ) และสามารถขายเป็นกลีเซอรีนดิบได้