ด้วยผลกระทบของการทำลายอันเนื่องมาจาก ภาวะโลกร้อนเช่นเดียวกับ วิกฤตพลังงาน อันเนื่องมาจากการหมดสิ้นไปของเชื้อเพลิงจากซากพืชซากสัตว์นั้นทำให้จุดสนใจในการพัฒนาพลังงานใอนาคตนั้นจะต้องถูกเปลี่ยนแปลงไปยังแหล่งพลังงานหมุนเวียนและไบโอดีเซลโดยเฉพาะเชื้อเพลิงสำหรับการขนส่ง

การผลิตพลังงานนั้นต้องการการลงทุนในเรื่องของพลังงาน การขุดเจาะหาน้ำมันหรือการสร้างโรงพลังงานลมก็ต้องการพลังงานเช่นเดียวกับการผลิต, การแจกจ่ายและการใช้ไบโอดีเซล สมดุลย์ในเรื่องพลังงานของไบโอดีเซล นั้นจะถูกกำหนดด้วยปริมาณพลังงานที่ต้องการในการผลิตเทียบกับปริมาณของพลังงานที่ถูกปล่อยออกมาเมื่อถุกเผาหม้ในยานพาหนะ

ในปัจจุบันนี้การโต้แย้งในเรื่องสมดุลย์พลังงานของไบโอดีเซลนั้นยังคงมีอยู่ในเรื่องที่ตัวแปรต่างๆที่ถูกระบุว่ามีส่วนในการช่วยลดก๊าซของปรากฎการณ์เรือนกระจกนั้นถูกเชื่อว่าเป็นความจริง น้ำมันปาล์มดิบและไบโอดีเซลที่ผลิตในเอเซีย, อเมริกาใต้และแอฟริกานั้นจะมีราคาถูกกว่าที่ผลิตในยุโรปและอเมริกาเหนือมากซึ่งจะเป็นตัวขับเคลื่อนการส่งออก โดยมุมมองทั่วไปนั้นไบโอดีเซลส่วนมากจะ ไม่สามารถหาแหล่งได้ในท้องถิ่น มันไม่ใช่ผลิตภัณฑ์ของคาร์บอนอีกต่อไปเนื่องจากมีความจำเป็นสำหรับการลงทุนที่สูงในการส่งไบโอดีเซลมาถึงปั๊มน้ำมัน

เรื่องอีกเรื่องหนึ่งที่เป็นข้อกังวลคือ การตัดไม้ทำลายป่า และ การทำฟาร์มแบบดั้งเดิม การเปลี่ยนไปใช้ไบโอดีเซลนั้นจะต้องใช้พื้นที่จำนวนมากซึ่งประเทศส่วนใหญ่ที่มีการใช้พลังงานจำนวนมากนั้นไม่มีพื้นที่ดังกล่าว ข้อกังวลของนักสิ่งแวดล้อมคือการที่ประเทศนั้นๆจะต้องทำลายป่าเขตร้อนจำนวนมากเพื่อปลูกต้นปาล์มน้ำมัน ยกตัวอย่างเช่นประเทศฟิลิปปินส์และอินโดนีเซียนั้นมีแผนที่จะเพิ่มระดับการผลิตไบโอดีเซลซึ่งจำเป็นที่จะต้องทำลายป่าเป็นจำนวน 10 ล้านเอเคอร์ เนื่องจากป่านั้นประกอบไปด้วยคาร์บอนจำนวนมากและคาร์บอนนี้จะต้องถูกปล่อยอออกไปถ้าถูกเผาไหม้ลงและเนื่องจากป่าจะช่วยเก็บกักคาร์บอนไว้ในดินดำและดินนั้นการตัดไม้ทำลายป่าจะขจัดข้อได้เปรียบของสิ่งแวดล้อมต่างๆของไบโอดีเซลที่มีเหนือน้ำมันดีเซลออกจนหมด

ในส่วนเพิ่มเติมนั้นการทำลายป่าไม้จำนวนมากจะนำไปสู่ การสูญเสียถิ่นที่อยู่ ซึ่งจะส่งผลอันตรายต่อพืชและสัตว์จำนวนมากดังเช่นจำนวนของลิงอุรังอุตังบนเกาะบอร์เนียวและเกาะสุมาตราของอินโดนีเซีย

ไบโอดีเซลนั้นมี บทบาทสำคัญ ในการต่อต้านผลกระทบจากภาวะโลกร้อนและเป็นทางเลือกทางเดียวของน้ำมันดีเซลซึ่งจะสามารถลดส่วนประกอบในชั้นบรรยากาศที่ส่งผลให้เกิดภาวะเรือนกระจกได้ ความเป็นกลางต่อสภาพชั้นบรรยากาศของไบโอดีเซลนั้นสามารถถูกทำลายได้โดยการตัดไม้ทำลายป่าและช่องทางการจำหน่ายเชื้อเพลิงที่ยาวนานเกินไป เมื่อนำผลกระทบจากการทำลายเข้ามารวมด้วยนั้นผลกระทบต่อระบบนิเวศน์จากการเจริญเติบโตของปาล์มน้ำมันจะดูเป็นเรื่องที่เล็กเมื่อเทียบกับความเปลี่ยนแปลงของสภาพอากาศที่มีอยู่อย่างต่อเนื่อง อย่างไรก็ตามกรีนพาวเวอร์คอร์ปอเรชั่นได้ให้คำมั่นสัญญาที่จะมอบพลังงานที่สะอาดและ ใช้ปาล์มน้ำมันในท้องถื่นเท่านั้น สำหรับผลิตภัณฑ์ของเรา